本所訂出三個研究重點作為長期的研究及發展方向，以便符合本所的任務。這些研究重點包括：(1) 水生生物與海洋生物科技；(2)動物模式；及(3) 細胞生物的研究。這些研究計畫亦將構成本所的三個整合研究。在研究和發展計畫上做這樣的調整是為了維持本所在研究上的前瞻地位，同時，兼顧院內對生命科學研究的長期科學目標連成一氣。

本所的長期研究，發展計畫，及未來重要研究所著重的部分如下：

(1) 水生生物與海洋生物科技

     魚類表皮運輸的分子機制及廣溫魚類環境適應的生理研究

     神經壞死及虹彩病毒與宿主之交互關係，致病機制，和魚類免疫學

     文昌魚胚胎神經板發育的基因表現與調控

    台灣九孔心臟發育基因之分離與鑑定

    海洋生物科技 (臨海研究站)

 (2) 動物模式

      蟑螂激素與社會行為的生理機制

      昆蟲費洛蒙之研究

      斑馬魚誘發突變、胚胎發育、器官分化、基因調控

      斑馬魚之人類疾病模式、人類基因之研究、及活體快速藥物篩選

      人類腫瘤異體移植老鼠模式，以從事藥物篩選及腫瘤幹細胞研究

(3) 細胞生物的研究

      細胞抗藥性機制及Ras轉型機轉的研究

      肺癌之標的胜肽及標的治療之研究

      有絲分裂異常的分子機制

      磷酸化gamma-secretase酵素的控制

      血癌誘發基因MLL的分子機制

      新型原始肺部幹細胞與病毒感染

      造血幹細胞Wnt訊息傳導及體外自我增生之機制調控

      著床前胚胎細胞命運特化調控機制、單一胚葉胚胎幹細胞株及新型全能幹細胞之建立